WWF và The Nature Conservancy chia khu vực này thành ba hải vực nhỏ hơn, mỗi hải vực lại được chia thành nhiều tỉnh biển (marine province).

Tây Ấn Độ Dương-Thái Bình Dương

Tây Ấn Độ Dương-Thái Bình Dương là một hải vực gồm phần phía tây và trung tâm Ấn Độ Dương, bao gồm bờ biển phía đông châu Phi, Biển Đỏ, vịnh Aden, vịnh Ba Tư, biển Ả Rập, vịnh Bengal và biển Andaman, cũng như các vùng nước ven biển đảo Madagascar, quần đảo Seychelles, Comoros, quần đảo Mascarene, Maldives và quần đảo Chagos.

Trung Ấn Độ Dương-Thái Bình Dương

Trung Ấn Độ Dương-Thái Bình Dương là một hải vực gồm vô số biển và eo biển nối Ấn Độ Dương với Thái Bình Dương, bao gồm các vùng biển bao quanh quần đảo Indonesia (trừ bờ biển tây bắc đảo Sumatra thì vẫn thuộc vùng Tây Ấn Độ Dương-Thái Bình Dương), Biển Đông, biển Philippines, bờ biển phía bắc Úc châu, các vùng biển bao quanh New Guinea, tây và trung Micronesia, Nouvelle-Calédonie, quần đảo Solomon, Vanuatu, Fiji và Tonga. Vùng Trung Ấn Độ Dương-Thái Bình Dương có độ đa dạng về san hô và thực vật ngập mặn cao nhất.

Đông Ấn Độ Dương-Thái Bình Dương

Đông Ấn Độ Dương-Thái Bình Dương là một hải vực bao quanh hầu hết các hòn đảo núi lửa nằm ở trung tâm Thái Bình Dương, trải dài từ quần đảo Marshall đến trung và đông nam Polynesia đến đảo Phục Sinh và Hawaii.